El proyecto es obra de Alberto de Palacio con quien colabora Ferdinand Arnodin. Su inauguración oficial fue el 28 julio de 1893. Como nota curiosa, en 1899 el importe por el viaje en transbordador era 5 céntimos por persona en la parte central de la barquilla, en los laterales, que se consideraban "de primera", la tarifa era de 10 céntimos por persona. En 1902 con motivo de la visita de los Reyes a Bizkaia, se dota al puente de iluminación eléctrica.

El Puente sufre también los avatares de la Guerra Civil, ya que su tablero, por el que se podía cruzar de una margen a otra, fue destruido siendo reconstruido en 1941.

En 1988 se inaugura una barquilla y en 1999 la nueva pasarela, que dan un nuevo aspecto a esta obra de ingeniería con más de un siglo de historia.

Desde 1893, aproximadamente 650 millones de personas han cruzado la ría en la barquilla. La distancia recorrida por ésta corresponde 31 vueltas a la tierra.

El comité de Patrimonio Mundial de la UNESCO en su 30º reunión 13 Julio de 2006 (Vilnius, Lituania) ha declarado Patrimonio de la Humanidad el Puente Bizkaia. Este es el primer monumento en el Pais Vasco que ha sido incluido en la lista de Patrimonio Mundial por la Unesco y el primero incluido dentro de la categoría de patrimonio industrial de todo el estado.